第三十八条第一款
将“投机倒把罪”改为“犯罪”
倒卖烟草专卖品，构成投机倒把罪的，依法追究刑事责任；情节轻微，不构成犯罪的，由工商行政管理部门没收倒卖的烟草专卖品和违法所得，可以并处罚款。
倒卖烟草专卖品，构成犯罪的，依法追究刑事责任；情节轻微，不构成犯罪的，由工商行政管理部门没收倒卖的烟草专卖品和违法所得，可以并处罚款。
1997年《刑法》修订时取消了投机倒把罪这个罪名，而将原来投机倒把罪所调整的行为重新规定到了非法经营罪中。
第三十九条第一款、第二款
将第二款“比照刑法第一百一十七条的规定”改为“依照刑法有关规定”，并与第一款内容合并
伪造、变造本法规定的烟草专卖生产企业许可证、烟草专卖经营许可证等许可证件和准运证的，依法追究刑事责任。
买卖本法规定的烟草专卖生产企业许可证、烟草专卖经营许可证等许可证件和准运证的，比照刑法第一百一十七条规定追究刑事责任。
伪造、变造、买卖本法规定的烟草专卖生产企业许可证、烟草专卖经营许可证等许可证件和准运证的，依照刑法有关规定追究刑事责任。
1997年《刑法》在修订时已经将伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章以及未经许可经营法律、行政法规规定的专卖物品等行为规定在第二百二十五条、二百八十条中调整，因此无法再按照《烟草专卖法》原来的“比照刑法第一百一十七条的规定追究刑事责任”执行。
第四十条第一款
将“依照关于惩治走私罪的补充规定”改为“依照刑法有关规定”
走私烟草专卖品，构成走私罪的，依照关于惩治走私罪的补充规定追究刑事责任；走私烟草专卖品，数额不大，不构成走私罪的，由海关没收走私货物、物品和违法所得，可以并处罚款。
走私烟草专卖品，构成走私罪的，依照刑法有关规定追究刑事责任；走私烟草专卖品，数额不大，不构成走私罪的，由海关没收走私货物、物品和违法所得，可以并处罚款
1997年《刑法》修订时已将《全国人大常委会关于惩治走私罪的补充规定》纳入到“走私罪”专章中。因此，自新《刑法》生效时起，原《全国人大常委会关于惩治走私罪的补充规定》同时废止
第四十一条
将“依照治安管理处罚条例的规定”改为“治安管理处罚法的规定”
烟草专卖行政主管部门有权对本法实施情况进行检查。以暴力、威胁方法阻碍烟草专卖检查人员依法执行职务的，依法追究刑事责任；拒绝、阻碍烟草专卖检查人员依法执行职务未使用暴力、威胁方法的，由公安机关依照治安管理处罚条例的规定处罚。
烟草专卖行政主管部门有权对本法实施情况进行检查。以暴力、威胁方法阻碍烟草专卖检查人员依法执行职务的，依法追究刑事责任；拒绝、阻碍烟草专卖检查人员依法执行职务未使用暴力、威胁方法的，由公安机关依照治安管理处罚法的规定处罚
《治安管理处罚法》已于2006年3月1日起施行，《治安管理处罚条例》同时废止。因此，不能再按照《烟草专卖法》原来的“依照《治安管理处罚条例》的规定处罚”执行。
第四十二条
“依照关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定第一条、第二条的规定”改为“依照刑法有关规定”
人民法院和处理违法案件的有关部门的工作人员私分没收的烟草制品，依照关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定第一条、第二条的规定追究刑事责任。
人民法院和处理违法案件的有关部门的工作人员购买没收的烟草制品的，责令退还，可以给予行政处分。
人民法院和处理违法案件的有关部门的工作人员私分没收的烟草制品，依照刑法有关规定追究刑事责任。
人民法院和处理违法案件的有关部门的工作人员购买没收的烟草制品的，责令退还，可以给予行政处分
1997年《刑法》修订时已将《全国人大常委会关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》纳入到“贪污贿赂罪”专章中。因此，自新《刑法》生效时起，原《全国人大常委会关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》同时废止
