（1）样方法是调查植物种群密度的常用方法，该草原上所有羽茅植株总和称为种群．
（2）生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性三个层次，羊草、贝加尔针茅、羽茅、黄囊苔草等不同草种之间的差异属于物种多样性；不同物种的草内
细胞色素c的氨基酸序列差异，可以显示它们之间亲缘关系的远近，这为生物进化提供了生物化学方面的证据．
（3）分析表格中信息可知，随放牧强度的增加，物种丰富度、物种均匀度指数、普森多样性指数都先增加后降低．
故答案应为：
（1）样方法 种群
（2）物种 生物化学
（3）B
