最早的污水处理就是模仿自然水体（沼泽地、河流）的自净作用建立的。
据说是法国人先使用的：将生活污水引入沼泽地进行净化。回来不断的强化产生活性污泥工艺
接着产生了许多变种的工艺。
水体通过植物、微生物、后生动物以及一些高等动物的生命活动；对于水中的污染物进行分解净化。但是由于自然水体的净化能力有限，随着工业的发展人们把自然水体增加了曝气
、污泥回流系统等等
加强了净化作用。虽然自然水体进水的作用有限，但是由于自然水体规模较大目前仍然承担了大部分污染物的解决。
原生生物在水体自净和污水处理中都可以分解水中的有机物，让其气体化排放，原生生物包括原生细菌和原生动物，他们都是可以通过利用有机物来实现自己的新成代谢从而去除水中的有机物，原生生物的种类非常多，有好氧、严氧、兼性的，在这里就不多说了。
