增值税申报表作废时提示税款大于零不能作废，一般只有到税务局纳税大厅去处理。这种情况一般是已经缴纳了增值税税款原因造成的。
出现这个提示是因为企业“已申报且已缴纳税款”，电子税务局上的申报作废是在申报完成但未扣缴税款时才能做作废申报。
解决办法：手工填写正确的申报表，前往税局上门修改申报。
请注意要在申报期间修改，否则如修改需补税（即：应交税款大于已交税款）会被征收滞纳金。
已申报未缴税的增值税报表，是不能自行作废删除的，需要携带资料到办税大厅作废删除，然后重新申报；
需要提供如下资料：
1、税务登记证副本、经办人身份证明；
2、经修正的对应申报表（一式两份）；
3、申报表错误处理说明（一式一份）。
办结期限：当场办结。
纳税人、扣缴义务人办理纳税申报后，在申报期内发现申报表数据有误，需要对申报数据进行修正，应在规定期限内向主管税务机关申报办理。税务机关受理、审核。
去办税厅解决，自己申报的解决不了就找办税厅
